为了吸引球迷，增加比赛刺激性，J联赛规定每场比赛必须分出胜负，如果90分钟内打平，则进入加时赛，采用金球制，如果加时赛还是平局，则进行点球大战。1995-97赛季，联赛实行32分制，90分钟和120分钟获胜得3分，点球获胜得2分，点球失利得1分。原来的赛制并不是现在的一年一季制，当时一年有两个赛季，每年两个赛季的冠军通过循环决赛，最终决出年度冠军。这个赛制一直延续到2004年。

联赛成立初期吸引了大批欧美过气球星加盟，伊藤忠政、邓加、莱因克尔、济科等同样试图在J1联赛捞钱的昔日巨星，虽然他们大多都是过气球星，但对J1联赛和各俱乐部水平的提升起到了巨大的作用，也增加了联赛的票房号召力。

1994年至1996年，每年都有两支新球队加入J1联赛，1996年至1998年，每年都有一支球队加入J1联赛，联赛逐渐增至18支球队。

1998年，日本足协对职业联赛进行改革，首先日本足协大幅压缩球员收入，防止球员身价膨胀威胁球队生存。其次建立升降级制度，成立日本职业足球联赛（J2联赛）。J2联赛成立后，J1联赛缩减为16支球队。

20世纪90年代末，日本J1联赛受到亚洲金融危机的冲击，上座率大幅下降。为应对危机，日本足协于2000年推出足球彩票。随着2002年日韩两国共同举办韩日世界杯，日本J1联赛重新焕发出勃勃生机。

从2003赛季开始，J联赛取消了加时赛，采用普通3分制。

2004赛季后，J1联赛再次增至18支球队，取消两阶段冠军赛制。J1联赛开始采用双循环赛制，单赛季34轮比赛，积分最高的球队获得联赛冠军。同时采用新的升降级制度，原J1联赛成绩最差的两支球队将由J2联赛的冠亚军取代。升降级制度不变，但J1联赛第16名需要与J2联赛第3名参加升降级附加赛，胜者可参加下一届J1赛事。

为提高各俱乐部运营的透明度，日本职业足球联盟自2005年起公开各俱乐部的运营状况，各俱乐部所有会计项目必须公开。联盟通过经营咨询委员会对各俱乐部的走访或交流来获取相关信息。

自2007年起，日本职业足球联盟以每年50亿日元的价格将J联赛的转播权卖给SKY，导致日本球迷只能通过付费电视观看J联赛，免费电视台也只能播放J联赛的部分比赛精彩片段，一定程度上造成了球迷的流失。

2011年3月17日，受日本发生9.0级大地震影响，J联赛决定暂停2011年4月3日之前的所有比赛。

从2015赛季开始，J联赛首次设立新年杯季前热身赛系列赛，并恢复两阶段赛制，实行新附加赛制。两阶段赛采用主客场制，每阶段17轮比赛。附加赛制为第一阶段冠军对阵第二阶段亚军，第二阶段冠军对阵第一阶段亚军，两场比赛胜者将与两阶段总积分最高的球队比赛，决出本赛季冠军。若重新设立球队，则设置总决赛新赛制。

2017赛季J1联赛取消了两阶段联赛和季后赛制，恢复双循环赛制，直接按照积分争夺联赛冠军。

2019年10月8日，钛奥动力旗下英旭视界旭动力与日本J.协会达成协议，续约J.在中国大陆地区数字内容独家全媒体版权三年。

由于受到新型冠状病毒的影响，J联赛官方宣布，日本J1、J2、J3联赛2020赛季将取消降级制。官方公告称，由于受到新型冠状病毒的影响，J1、J2、J3联赛2020赛季将采取“不降级不升级”制，J2联赛将有2支球队升入J1联赛，20支球队参加2021赛季J1联赛。