赛制分为市预赛、地区决赛和全国总决赛三个阶段。 参加地区赛和总决赛的队伍实行俱乐部制，须到当地工商或民政部门登记（参加需到工商部门登记）并提交资格证书复印件方可参加地区赛和决赛。 在准入条件方面，为业余足球联赛与中乙联赛的衔接搭建了通道。

从2014年开始，足协规定，新参加中乙联赛的球队将从2014年中国足协业余联赛的优胜球队中经录取审核后选出。 2015年明确规定，首次报名参加中国足协乙级联赛的俱乐部，将按照成绩顺序从中国足协业余联赛总决赛（或地区赛）球队中优先选拔。

2016年业余联赛全国总决赛冠军大连博洋队和亚军长安竞技队已获得中乙联赛参赛资格。 能否参加中乙联赛需要通过足协的准入审核。